8 listopada 1946 szpital przeszedł pod zarząd Uniwersytetu Poznańskiego. W 1947 udało się uporządkować około 50% powierzchni szpitala i uruchomić dwa oddziały, a do 1949 – jeszcze jeden. Wtedy nadano szpitalowi imię Heliodora Święcickiego. Po powstaniu Akademii Lekarskiej w 1950 przejęła ona od Uniwersytetu budynki szpitala.
1 lutego 1950 uruchomiona została Klinika Chirurgii, pod kierownictwem prof. Romana Drewsa, a w 1952 Katedra i Klinika Neurochirurgii. Na początku lat 60. XX wieku uruchomiono Klinikę Chirurgii Szczękowej (1961) i Klinikę Chorób Pasożytniczych (1962). Na przełomie lat 60. i 70. XX wieku powołano Pracownię Foniatryczną Kliniki Otolaryngologicznej (1968–1970), Oddział Radiologii, Klinikę Gastroenterologii i Żywienia Człowieka, Klinikę Nefrologii oraz Klinikę Endokrynologii. W 1982 utworzona została Klinika Foniatrii i Audiologii (w miejsce Instytutu Chorób Układu Nerwowego i Narządów Zmysłów), a pod koniec 1984 Klinika Neurologii Rozwojowej. W 1993 powołano Katedrę i Klinikę Chirurgii Ogólnej, Gastroenterologicznej i Endokrynologicznej.