Niedługo później sytuacja młodego władcy zaczęła być dramatyczna. Latem 1860 oddziały włoskiego rewolucjonisty, walczącego o zjednoczenie Włoch, Giuseppe Garibaldiego podbiły Sycylię. Królowa Maria zaczęła wówczas pisać błagalne listy do swojej starszej siostry, cesarzowej Austrii, Elżbiety, w których prosiła ją o udzielenie pomocy jej oraz jej mężowi. Cesarzowa próbowała przekonać męża, aby interweniował. Ani Franciszek Józef I, ani arcyksiężna Zofia, jego biegła w polityce matka, nie przychylili się prośbom młodej Elżbiety i postanowili nie udzielić Marii i Franciszkowi pomocy – ani zarówno militarnej, ani finansowej. Niedługo później, w 1861 r. Królestwo Obojga Sycylii zostało włączone do Królestwa Włoch, w wyniku czego Maria utraciła swój królewski tytuł.
24 grudnia 1869 urodziła córkę Krystynę Burbon Sycylijską, która zmarła 28 marca 1870Family Tree: Duchess Maria Sophie in Bavaria, Queen consort of the Two Sicilies.
Zmarła 19 stycznia 1925 i została pochowana w kościele Santa Chiara w Neapolu.