11 czerwca 1997 roku Wolfsburg świętował awans do pierwszej Bundesligi. Już w 1999 roku zespół zakwalifikował się po raz pierwszy do gry w pucharze UEFA. Później pięciokrotnie dostawał się do Pucharu Intertoto. W sezonie 2004/2005 zespół po raz pierwszy miał okazję przewodzić tabeli. W latach 2006 i 2007 klub pod przewodnictwem Klausa Augenthalera osiągał na końcu sezonów każdorazowo zaledwie 15. miejsce.
2007-2008 30 Maja 2007 roku nowym trenerem klubu został Felix Magath. Od 15 czerwca jest jednocześnie trenerem, menedżerem i dyrektorem sportowym „Wilków”. W jego gestii pozostawało również wyszukiwanie i pielęgnowanie talentów młodego pokolenia. Zarząd klubu dał Magathowi wolną rękę. Wykorzystał to na początku sezonu 2007/08. Zaczęły się spektakularne odejścia graczy, którzy nie spełniali postawionych przez niego norm (Kevin Hofland, Diego Klimowicz, Mike Hanke). Za nich sprowadzono wiele nowych piłkarzy takich jak Ricardo Costa, Josué i Grafite, czy młodych graczy jak Marcel Schäfer, Edin Džeko, Jan Šimůnek, Sascha Riether, Christian Gentner i Ashkan Dejagah, którzy włączyli się szybko do budowy nowej odmiennej drużyny. Długoletni bramkarz Wolfsburga, Simon Jentzsch został w czasie zimowych transferów zastąpiony przez Diego Benaglio.