Niespodzianką w Bundeslidze okazało się osiągnięcie 5 miejsca w tabeli poprzez zwycięstwo 4:2 nad Borussią Dortmund, które umożliwiało grę w pucharze UEFA w sezonie 2008/2009.
od 2008 thumb|200px|Grafite, najskuteczniejszy strzelec Wolfsburga w sezonie 2008/2009. Od samego początku głównym sponsorem klubu jest Volkswagen AG. W rundzie jesiennej w sezonie 2008/09 piłkarze po raz pierwszy grają bez charakterystycznego loga VW na koszulce. Zamiast niego znajduje się logo charytatywnej akcji „Ein Herz für Kinder” (serce dla dzieci).
W letnim okienku transferowym Felix Magath chcąc podnieść wartość kadry sprowadził z US Palermo łącznie za 21 milionów euro dwóch obrońców, Cristiana Zaccardo i Andrea Barzagliego. Za kapitana Marcelinho, który odszedł do CR Flamengo, sprowadzono nowego zawodnika Zvjezdana Misimovicia z 1. FC Nürnberg. Poza tym szukając talentów kupiono: Mahira Sağlıka z Wuppertaler SV, młodzieżowego napastnika Alexandra Essweina i na koniec Caiubiego z brazylijskiego AD São Caetano.