19 grudnia odbyło się losowanie par 1/16 finału pucharu UEFA – VfL Wolfsburg zmierzył się w lutym z francuską drużyną Paris Saint-Germain. W pierwszym spotkaniu na Parc des Princes drużyna Felixa Magatha przegrała 2:0. W meczu rewanżowym w Wolfsburgu, „Wilki” przegrały 3:1. Honorowego gola dla zielono-białych strzelił Makoto Hasebe.
W lutym, w zimowym okresie transferowym z klubu odszedł Jacek Krzynówek, niezadowolony ze swojej sytuacji w klubie oraz przez konflikt z trenerem Felixem Magathem. Został sprzedany do Hannoveru 96 rywala drużyny z Wolfsburga. W tym samym czasie do zespołu dołączyli Peter Pekarík, młody prawy obrońca ze Słowacji i Yoshito Okubo, japoński napastnik z Vissel Kobe, obaj piłkarze grający regularnie w reprezentacjach swoich krajów.
13 marca dzięki zwycięstwu nad FC Schalke 04, Wolfsburg pobił swój rekord, wygrywając kolejno 6 spotkań w lidze. Później były zwycięstwa po meczach kolejno z: Arminią Bielefeld, Bayernem Monachium zakończonym historycznym wynikiem 5:1, Borussią Mönchengladbach i Bayerem 04 Leverkusen.