Załogi motorówek składały się z trzech funkcjonariuszy: komendanta, sternika i motorzysty-mechanika. Na „Kaszubie” tworzyli ją Ignacy Lipiecki, Stanisław Dziedzic i Ludwik Teichert, na „Mazurze” Jan Majewski, Leon Korwatowicz i Stanisław Leszczyński a na „Ślązaku” Franciszek Lisiecki, Józef Walkowski i Józef Piotrowski.
Flotylla stacjonowała w porcie rybackim Hel. Motorówki pełniły przede wszystkim służbę patrolową na wodach Zatoki Gdańskiej, ze szczególnym uwzględnieniem red portów Gdyni i Gdańska. „Batory” wychodził z Helu na patrole, dozorując polskie wody terytorialne od strony pełnego morza. W lecie zazwyczaj pływał nocą, a w dzień brał udział zwykle tylko w akcjach pościgowych i interwencyjnych. Bywało jednak i tak, że w razie interwencji wobec naruszających polskie wody kutrów rybackich akcję podejmowała cała Flotylla i w efekcie zatrzymywano ich jednorazowo nawet kilkanaście.
Jednym z sukcesów „Batorego” było zatrzymanie w 1936 motorówki „Margit”, szmuglującej kilka skrzyń pistoletów.
Braki środków finansowych negatywnie odbijały się na sprawności technicznej motorówek, w których nie wymieniano zużytych silników, co powodowało ich przestoje. Okresami tylko „Batory” pozostawał aktywny.