Dopiero w 1937 wzrost przemytu dewiz wymusił przywrócenie motorówkom pełnej sprawności.
W 1937 „Ślązak” został przeniesiony na dolną Wisłę i przekazany komisariatowi Straży Granicznej w Gniewie. Nie brał on później udziału w działaniach reszty Flotylli.
W ostatnim okresie przed wybuchem wojny rosnąca liczba naruszeń granicy przez niemieckie wojskowe jednostki pływające i latające wymusiła zwiększony zakres współpracy między Flotyllą SG a Marynarką Wojenną.
Ocenia się, że działania Flotylli SG nie doprowadziły do likwidacji przemytu drogą morską, ale jednak ograniczyły jego rozmiar.
Oprócz zadań ściśle związanych z ochroną granic, okręty flotylli spełniały też sporadycznie inne zadania, od bardzo oficjalnych do bardzo nieoficjalnych.
Niedługo po wcieleniu do służby „Batorego” zaprezentowano prezydentowi RP Ignacemu Mościckiemu, który odbył nim przejażdżkę.
W sierpniu 1936 inspekcję na „Batorym” przeprowadził prezes Rady Ministrów Felicjan Sławoj Składkowski, odznaczając Brązowym Krzyżem Zasługi członka załogi starszego przodownika Stanisława Borowika.
Przykładem doraźnej współpracy Flotylli SG z Marynarką Wojenną była sytuacja z 1935, gdy „Batory” przewiózł z Helu do szpitala w Gdyni oficera marynarki, ciężko ranionego w trakcie ćwiczeń, za co później kontradmirał Jerzy Świrski dziękował listownie Komendantowi SG.