W ramach prac Konferencji Episkopatu Polski w latach 2014–2024 pełnił funkcję zastępcy przewodniczącego Konferencji. Zasiadał także w Radzie Stałej, z wyboru jako biskup pomocniczy i biskup diecezjalny, a także z urzędu jako zastępca przewodniczącego Konferencji. Był również przewodniczącym Rady Naukowej (2017–2026) oraz delegatem ds. Duszpasterstwa Akademickiego (2002–2017) i delegatem ds. Rycerzy Jana Pawła II (2019–2026), a także zasiadał w Komisji Wychowania Katolickiego, Sekcji Nauk Filozoficznych Komisji Nauki Wiary i Radzie ds. Duszpasterstwa Młodzieży. Ponadto wszedł w skład Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu RP i KEP, w której objął funkcję współprzewodniczącego (2020–2024), Rady Programowej Katolickiej Agencji Informacyjnej, Rady Fundacji „Dzieło Nowego Tysiąclecia”, Krajowego Komitetu Roku Jubileuszowego 2000 i Zespołu ds. Wizyty Ojca Świętego w Polsce w 2016 roku. W Radzie Konferencji Episkopatów Europy pełnił funkcję delegata ds. Duszpasterstwa Akademickiego oraz przewodniczącego Komisji ds. Katechezy, Szkół i Uniwersytetów, a z nominacji papieża Franciszka został członkiem Kongregacji ds. Edukacji Katolickiej.