Egipscy żołnierze po powrocie do kraju podnieśli bunt, domagając się dla siebie pozycji równoważnej z tą jaką mieli ich greccy pobratymcy. Doprowadziło to do oderwania się Tebaidy i powstania na południu oddzielnego państwa nubijskich faraonów (secesję zlikwidowano dopiero w 186 p.n.e.) Sytuacja ta miała tak fatalne skutki dla finansów, zrujnowanego podatkami na armię królestwa, że niezadowolenie z władzy Ptolemeuszów wyraźnie wzrosłoI.Shaw, s.410-413.
Po śmierci Filopatora jego następcą został pięcioletni syn Ptolemeusz V Epifanes, a nieprzerwanie pozostający u steru Agathokles z Sosibiosem, w celu zapewnienia sobie wpływu na małoletniego monarchę, pozbyli się tym razem wszystkich uprawnionych do regencji i następstwa tronu. Według Plutarcha zamordowana została cała najbliższa rodzina małego króla tzn.: jego brat Lizymach, wuj Magas, babka Berenika II, a na końcu jego własna matka Arsinoe (Historie XV.25). W czasach regencji definitywnie utracono też na rzecz Antiocha Syropalestynę i część posiadłości małoazjatyckich na rzecz MacedoniiB.Bravo, E.Wipszycka, s. 106-108. Młody władca zmarł w 180 p.n.e. najprawdopodobniej otruty.