W związku z tym część mnichów zamierzała wyjechać z Pieczor razem z najcenniejszymi przedmiotami należącymi do monasteru i przenieść się na zachód (jak się spodziewano, na ziemie niepodległej Estonii). Druga grupa była zdania, że mnisi powinni pozostać na miejscu i ostatecznie taką podjęto decyzję. 11 sierpnia 1944 wspólnota witała w Pieczorach Armię Czerwoną, wręczając żołnierzom kwiaty, bijąc w dzwony i służąc molebień dziękczynny. Przełożony monasteru brał udział w mityngu ku czci wyzwolenia miasta na zaproszenie sekretarza powiatowej organizacji partyjnej.
W sierpniu 1944 ihumen Paweł zwrócił się do metropolity leningradzkiego Grzegorza z prośbą o powtórne przyjęcie monasteru Pskowsko-Pieczerskiego w jurysdykcję Patriarchatu Moskiewskiego. W październiku tego samego roku przełożony klasztoru został aresztowany przez NKWD i oskarżony o prowadzenie agitacji antyradzieckiej. W latach 1949–1954 budynki monasterskie były remontowane, w latach 60. i 70. XX wieku prowadzono prace konserwatorskie we wnętrzach cerkwi klasztornych, od 1975 do 1988 kompleksowo odnowiono wszystkie świątynie. W 1973 wspólnota odzyskała wyposażenie zrabowane w 1944 przez wycofujących się Niemców.