Wraz z wydaniem wersji 2.x (dla MEGA STE) oraz równocześnie 3.x (dla Atari TT) dokonała się zmiana jakościowa. TOS uzyskał możliwość bootowania z dysku twardego IDE. Rozszerzono maksymalna liczbę okien modalnych (do 7 w 2.x i bez ograniczeń w 3.x). Desktop zyskał możliwość ładowania ikon z dysku.
Wersje 4.x były przeznaczone dla komputera Atari Falcon i oprócz obsługi układów w nim zawartych (DSP, Videl,...) wprowadziła trójwymiarowe, kolorowe okna modalne, obsługę kolorowych ikon.
W planowanej dla Atari Falcon040 nowej wersji 5.0 zawarto wielozadaniową odmianę AESu o numerze 4.0 oraz funkcję ikonifikacji okien (na wzór MultiTOSu). Dostępne są wersje beta oznaczone jako 4.92, jak również sam AES 4 jako element MultiTOSu.
W 1998 r. Milan GmbH zakupiło licencję do źródeł TOSu i dla swojego komputera Milan przygotowało wersję oznaczoną 4.05 zawierającą między innymi warstwę obsługi dla kart PCI.
Projekt Atari Coldifre Project przygotowuje wersję TOSu przystosowaną do procesorów ColdFire.