Wersje Wersje TOSu z zakresu 1.00 do 4.04 (włącznie z wersją 4.92 (beta wersji 5)) zostały opublikowane przez Atari. Wersje TOSu z zakresu 4.05 do 4.08 zostały opublikowane przez Milan Computer GmbH, uzyskała ona prawa modyfikacji TOSu i wraz ze swoim komputerem Milan rozprowadzała wersję oznaczaną 4.05. Najnowsza dostępna wersja dla Milana to TOS 4.08 z GEMDOSem 0.33. Jest to zmodyfikowana wersja TOSu 4, dostosowana sprzętowo do komputera. Zawiera liczne dodatki, sterowniki PCI, łatki itp. Firma Medusa Computer Systems stworzyła dla swoich komputerów TOS 3.06 z poprawkami
Firma Centek w akceleratorze sprzętowymhttps://web.archive.org/web/20080820193053/http://www.czuba-tech.com/CT2/english/welcome.htm zawarła program, który modyfikuje TOS, poprawiając niektóre błędy i określiła jego wersję jako 7.0. W karcie procesorowej CT60 TOS znajduje się w pamięci FlashROM, jest to zmodyfikowany TOS 4.04 z poprawkami, dodanymi sterownikami i niezbędnymi łatkami dla procesora 68060. W najnowszych wersjach zawiera również sterowniki PCI.