30 maja 2006 papież Benedykt XVI mianował go arcybiskupem metropolitą warmińskim. Rządy w archidiecezji przejął kanonicznie 9 czerwca 2006, natomiast ingres do Konkatedry św. Jakuba w Olsztynie odbył 11 czerwca 2006. 29 czerwca 2006 na Placu św. Piotra w Rzymie otrzymał z rąk Benedykta XVI paliusz. Jako arcybiskup metropolita warmiński sprawował funkcję wielkiego kanclerza Wydziału Teologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. W latach 2006–2012 przeprowadził I Synod Archidiecezji Warmińskiej. Przywrócił w archidiecezji organizowanie rejonowych konferencji formacyjnych duszpastersko-katechetycznych. W 2007 utworzył Archidiecezjalną Szkołę Muzyki Kościelnej i Archidiecezjalny Ośrodek Charytatywny „Caritas” Archidiecezji Warmińskiej w Rybakach, w 2008 Konwikt Kapłanów Warmińskich w Olsztynie i Kapitułę Kolegiacką w Lidzbarku Warmińskim, w 2009 Muzeum Archidiecezji Warmińskiej w Olsztynie, a w 2010 katolickie Radio Plus Olsztyn. 15 października 2016 papież Franciszek przyjął jego rezygnację z obowiązków arcybiskupa metropolity warmińskiego.