W tym samym roku powołał kurię diecezjalną i sąd biskupi, a także Wyższe Seminarium Duchowne w Ełku i Diecezjalny Instytut Teologiczny, a rok później Diecezjalne Kolegium Teologiczne i „Caritas” Diecezji Ełckiej. Utworzył sambijską kapitułę konkatedralną w Gołdapi. Przeprowadził pierwszy w historii diecezji synod. Erygował 22 parafie i jeden samodzielny ośrodek duszpasterski, a trzem kościołom nadał status sanktuarium. W 1999 gościł na jej terenie papieża Jana Pawła II.
16 listopada 2000 Jan Paweł II ustanowił go arcybiskupem metropolitą białostockim. 9 grudnia 2000 kanonicznie przejął archidiecezję i odbył ingres do Bazyliki Archikatedralnej Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Białymstoku. Utworzył 20 parafii, zreorganizował sieć dekanatów, powołał Centrum Administracyjno-Pastoralne Archidiecezji Białostockiej. W 2005 zwołał I Kongres Eucharystyczny Archidiecezji Białostockiej, a w 2006 Kongres Miłosierdzia Archidiecezji Białostockiej.