Komisja Ocen Scenariuszy, zebrawszy się 25 kwietnia 1961 roku, odrzuciła widniejący już pod tytułem Nóż w wodzie pierwszy projekt scenariusza, opracowany przez Skolimowskiego; była natomiast mniej niechętna wobec poprawionej drugiej wersji. Mimo to projekt wzbudził szereg wątpliwości. Aleksander Ścibor-Rylski twierdził, że autorzy „są w stanie napisać dobry scenariusz rozrywkowy”, jednak wyraził wątpliwość „czy powinni brać kurs na filozofię”. Krzysztof Teodor Toeplitz z kolei uznał scenariusz Noża w wodzie za „pretekst do pokazania widzowi uroków weekendów na jeziorach mazurskich”. 8 czerwca 1961 roku Nóż w wodzie został jednak ostatecznie zaaprobowany i skierowany do produkcji.
Przyjaciele reżysera, Jakub Goldberg oraz Andrzej Kostenko, otrzymali funkcje jego asystentów. Kostiumy dla trójki bohaterów zaprojektowała Barbara Ptak. Za zdjęcia do filmu odpowiadał Jerzy Lipman wraz z operatorem kamery Andrzejem Gronau, a bezpieczeństwa ekipy filmowej strzegł ratownik Wojciech Frykowski. Jedynym zawodowym aktorem na planie był Leon Niemczyk, wcielający się w rolę Andrzeja. Jolantę Umecką, która zagrała Krystynę, Polański zaprosił do udziału w filmie, spotkawszy ją na basenie. Natomiast Zygmunt Malanowicz, odtwarzający postać chłopaka, był młodym studentem aktorstwa.