Rodzina ta umieszczana jest w obrębie podrzędu Lemuriformes, obejmującego wszystkie lemury Madagaskaru.
Pierwsze subfosylne szczątki Babakotia radofilai odkryto podczas serii ekspedycji, które nastąpiły po odkryciach Jeana Radofilao i dwóch anglo-malgaskich wypraw rozpoznawczych w 1981 i 1986–87. Druga fala odkryć została rozpoczęta jeszcze w latach osiemdziesiątych przez antropolog biologiczną Elwyn Simons, która w 1988 trafiła w jaskini Antsiroandoha w Ankarana Massif na północy Madagaskaru prawie kompletny szkielet i czaszkę w towarzystwie szczątków około tuzina innych osobników. Szybko zidentyfikowana jako przedstawiciel Palaeopropithecidae, Babakotia razem z Mesopropithecus przyczyniła się do rozpoczęcia debaty o pokrewieństwie pomiędzy Palaeopropithecidae, Archaeolemuridae i żyjącymi obecnie indrisowatymi. Archaeolemuridae miały czaszki bardzo przypominające te spotykane u Indriidae. Większe Palaeopropithecidae z drugiej strony zachowały uzębienie podobne do obecnych Indriidae, były jednak solidniejsze i bardziej wyspecjalizowane. Babakotia i Mesopropithecus nie tylko miały jednakowe uzębienie co Indriidae, ale też miały podobne czaszki. Dowodzi to, że przypominające leniwce lemury były najbliżej spokrewnione z żyjącymi także dziś Indriidae, a Archaeolemuridae stanowiły ich najbliższą grupą zewnętrzną.