Czwartego miesiąca 1706 r. rozpoczął w Rōbai-anMenzan był 1-rocznym opatem tej świątyni zgodnie z zasadą rotacyjnych stanowisk opackich w szkole sōtō trzyletnie odosobnienie. Czytał Shōbōhenzō na przemian z medytacją. Ktoś sześć razy w miesiącu przychodził ogolić mu głowę i przeprowadził także ceremonie ordynacyjne (jap. tokudo) dla kilku ludzi. Miał także kilka wizyt poświęconych dyskusji o buddyzmie. W połowie jego odosobnienia pojawił się mnich z Edo, który zaczął żebrać w okolicy o żywność dla Menzana.
W 1709 r. zakończył odosobnienie. Rozpoczął wygłaszać wykłady w różnych miejscach i kontynuował pisanie i czytanie w bibliotekach klasztornych. Rozpoczął także swój życiowy projekt przeczytania 100 tomów Sutry Mahapradżniaparamity. Kilkakrotnie spotkał się z Dōhaku, który zachęcił go do napisania swojej pierwszej pracy Eihei Kaisan Oshō jitsu roku (Zapiski z działalności założyciela Eihei). Praca ta została wydrukowana w 1710 r.David Riggs, "The Zen of Books and Practice: The Life of Menzan Zuihō and His Reformation of Sōtō Zen", (w: Zen Masters, 2010), s 157.