Zmiany systemowe, jakie dokonały się w 1989 r. nie stanowiły szoku i zaskoczenia dla organizacji. Była ona bowiem obiektywnie ich mimowolnym animatorem. Natomiast boleśnie odczuła ona skutki zmian w postaci ograniczenia środków finansowych, a także restrykcyjnych decyzji ówczesnych władz wobec siebie. 26 kwietnia 1995 roku w wyniku zabiegów Samorządu Studentów Uniwersytetu Warszawskiego, ZSP UW straciło prawo do lokalu jaki znajdował się przy ul. Krakowskie Przemieście w zespole św. Rocha na kampusie głównym. 9 listopada 1995 nastąpiło zamknięcie siedziby poprzez wymianę zamków przez Samorząd Studentów, natomiast 24 maja 1996 roku nastąpiła ostateczna wyprowadzka ZSP UW z lokali 24 i 31a (przez ponad pół roku siedziba Zrzeszenia była nieczynna). Działanie Samorządu Studentów Uniwersytetu Warszawskiego zdominowanego w kadencji 1995/1996 przez skrajnie prawicowych działaczy w kierunku osłabienia ZSP UW miało charakter wyłącznie polityczny i personalny. W podobnej sytuacji znalazł się także Związek Młodzieży Wiejskiej Uniwersytetu Warszawskiego, który później już nie odrodził się na Uniwersytecie Warszawskim.