W okresie niemieckiej okupacji mieszkańcy Michniowa aktywnie współpracowali z ruchem oporu, w szczególności ze Świętokrzyskimi Zgrupowaniami AK dowodzonymi przez por. Jana Piwnika ps. „Ponury”. Prawdopodobnie w wyniku donosów konfidentów, zwłaszcza ppor. Jerzego Wojnowskiego ps. „Motor”, władze niemieckie podjęły decyzję o przeprowadzeniu w Michniowie szeroko zakrojonej akcji represyjnej. 12 lipca 1943 wieś została spacyfikowana przez niemiecką ekspedycję karną, w skład której weszły pododdziały 17. i 22. pułku policji, żandarmeria z okolicznych placówek oraz funkcjonariusze Gestapo z Kielc. Niemcy częściowo spalili wówczas Michniów i zamordowali 102 mieszkańców (w większości przez spalenie żywcem w stodołach). W odwecie jeszcze tej samej nocy żołnierze „Ponurego” zaatakowali w rejonie Podłazia pociąg pośpieszny relacji Kraków-Warszawa, zabijając lub raniąc co najmniej kilkunastu Niemców. Następnego dnia niemieccy policjanci powrócili do Michniowa, doszczętnie paląc wieś i mordując niemal wszystkich przebywających tam Polaków. Łącznie ofiarą dokonanej w Michniowie masakry padły co najmniej 204 osoby, w tym 54 kobiety i 48 dzieci (najmłodsze dziewięciodniowe).