10 osób podejrzewanych o współpracę z podziemiem zostało deportowanych do obozów koncentracyjnych (przeżyło troje), a 18 młodych kobiet i dziewcząt wywieziono na roboty przymusowe. Wieś została doszczętnie spalona (ocalały tylko dwa budynki). Okupacyjne władze zakazały odbudowy Michniowa i uprawy okolicznych pól.
Pierwszy pochówek ofiar 15 lipca 1943 mieszkańcy sąsiednich wsi pogrzebali szczątki zamordowanych michniowian we wspólnej mogile, wykopanej na działce w pobliżu szkoły. Niemcy wyrazili zgodę na pochówek ofiar. Polecili jednak zaorać grób, a także nie zezwolili na oznaczenie mogiły krzyżem lub jakimkolwiek innym znakiem
Pamięć Po wojnie Michniów został odbudowany. Wkrótce po zakończeniu okupacji na masowej mogile kryjącej szczątki ofiar pacyfikacji został postawiony pomnik z czerwonego piaskowca. Wyryto na nim nazwiska mieszkańców Michniowa poległych i zamordowanych w czasie II wojny światowej.
Od 1945 w każdą rocznicę zbrodni michniowianie zbierają się na mszy w intencji ofiar. W latach pięćdziesiątych XX wieku staraniem mieszkańców Michniowa została wzniesiona kaplica św. Małgorzaty, w której odprawiane są okolicznościowe uroczystości religijne, a w okresie letnim niedzielne msze święte.