wypukłe na przedniej powierzchni stawowej i wklęsłe na tylnej; kręgi szyjne Aorun były zatem zbudowane podobnie do kręgów szyjnych dużych tetanurów nienależących do celurozaurów, ale inaczej niż kręgi szyjne większości celurozaurów (poza Compsognathus i alwarezaurami). Budową dłoni Aorun w większym stopniu przypominał natomiast nieptasie celurozaury niż bardziej bazalne teropody; w szczególności budową dłoni (a także proporcjami czaszki) Aorun zhaoi przypominał Haplocheirus sollers.
Z przeprowadzonej przez autorów opisu Aorun analizy filogenetycznej wynika przynależność tego teropoda do celurozaurów. Jego dokładna pozycja filogenetyczna w obrębie tej grupy jest jednak niepewna; z analiz wynika, że mógł być bazalnym celurozaurem, siostrzanym do kladu obejmującego wszystkie pozostałe celurozaury poza Zuolong i tyranozauroidami lub bazalnym maniraptorem blisko spokrewnionym z Tugulusaurus faciles i Coelurus fragilis. Jednakże w ocenie autorów opisu Aorun budowa czaszki, kręgów szyjnych i dłoni okazu holotypowego sugeruje, że mógł on być przedstawicielem Alvarezsauroidea lub ornitomimozaurów.