W 1592 roku rozpoczęto budowę głównego budynku uniwersytetu Juleum. Dzięki licznym znanym osobom reputacja uniwersytetu szybko się rozpowszechniła, tak że na początku 1625 roku był trzecim co do wielkości uniwersytetem w Niemczech. Rocznie przyjmowano przeciętnie 500Wilhelm Havemann: Geschichte der Lande Braunschweig und Lüneburg, Bd. 3, Verlag der Dieterichschen Buchhandlung, Göttingen 1857, strona 36 studentów. W tym samym czasie trwała wojna trzydziestoletnia i wybuch dżumy w Helmstedt, które to spowodowały zaprzestanie działalności do 1626 rokuFriedrich August Ludewig: Geschichte und Beschreibung der Stadt Helmstedt, Fleckeisensche Buchhandlung, Helmstedt 1821. W listopadzie 1625 roku jedna trzecia mieszkańców padła ofiarą zarazy i 295 domów było niezamieszkanychWilhelm Havemann: Geschichte der Lande Braunschweig und Lüneburg, Bd. 3, Verlag der Dieterichschen Buchhandlung, Göttingen 1857, S. 75.
Poprzez dominację rygorystycznego ortodoksyjnego-luterańskiego nastawienia wydziału teologicznego w Helmstedt, atrakcyjność Academia Julia spadła. Po założeniu kolejnych uniwersytetów na północy Niemiec, np.