Podjął pracę w Głównym Urzędzie Rasy i Osadnictwa SSHeather Pringle, The Master Plan: Himmler's Scholars and the Holocaust, Hyperion, 2006, s. 253. Po kampanii wrześniowej został wysłany do okupowanej Łodzi, gdzie był członkiem zespołu badawczego, który przeprowadzał badania rasowe miejscowych Volksdeutchów determinujące ich przynależność do odpowiednich kategorii rasowych, a także wykonywał badania ludności polskiej przed wysłaniem ich na przymusowe roboty do NiemiecPringle, The Master Plan, s. 254. Jako antropolog pracował w Centrali Przesiedleńczej w ŁodziHans-Walter Schmuhl, The Kaiser Wilhelm Institute for Anthropology, Human Heredity, and Eugenics, 1927-1945: Crossing Boundaries, Springer, 2008, str. 353, mieszczącej się przy ulicy Piotrkowskiej 133.
W 1942 Fleischhacker wraz z Heinrichem Rübelem wybrany został przez Bruna Begera do pracy w projekcie przygotowywanym przez SS opracowaniu nowego typu rasowego. W tym samym roku wraz z Begerem został wysłany do badań rasowych odbywających się w niemieckim obozie koncentracyjnym Auschwitz-Birkenau, gdzie dokonywał selekcji rasowej oraz prowadził badania antropologiczne na więźniachPringle, The Master Plan, s. 261.