Etap II (1251–1268) thumb|200px|Kubilaj-chan Wraz ze śmiercią kagana Gujuka w 1248 imperium mongolskie weszło w burzliwą fazę walk sukcesyjnych. Spowodowało to chwilowe odwrócenie uwagi Mongołów od spraw tybetańskich, do czasu aż nowym Wielkim Chanem został wybrany kolejny z wnuków Czyngis-chana Mongke (1208–1259). Ponieważ w 1251 zmarli Sakja Pandita i książę Koden (w przypadku tego drugiego data jest niepewna), nowym zwierzchnikiem Tybetu obrano brata Mongke Kubilaj-chana.
W wyniku śmierci Sakja Pandity i małoletności jego bratanków, Kaubilaj-chan zaprosił do siebie przedstawiciela szkoły kagju, pierwszego w historii tulku (świadomie reinkarnującego się lamę) Karma Paksziego (drugiego Karmapę). Tradycja twierdzi, że nawrócił on Kubilaja na buddyzm, ale poproszony o pozostanie przy nim odmówił, po czym udał się na zaproszenie nowego kagana do stolicy imperium Karakorum. Był to spory błąd polityczny, bowiem w 1259 Mongke zmarł, a Wielkim Chanem został Kubilaj (1260). W tej sytuacji zwierzchnikiem Tybetu i duchowym doradcą Kubilaj-chana stał się młody przywódca szkoły sakja Pakpa lama (bratanek Sakja Pandity, od 1244 mongolski zakładnik). Jego młodszy brat Pjagna Dordże, ożeniony z córką zmarłego księcia Kodena, został regentem.