W jego politycznych wypowiedziach zauważa się, że w licznych esejach, podobnie jak Karl Bernhard Hundeshagen przepowiedział rewolucję w 1848 roku. Po 1848 roku występował przeciw reakcjonizmowi w polityce i kościele.
Jego następcą na uniwersytecie został jego uczeń, przyjaciel i biograf Eduard Riehm.
Za zasługi dla uniwersytetu w Marburgu został w 1834 roku honorowym obywatelem miasta Marburg (Ehrenbürger der Stadt Marburg).
Twórczość Die Psalmen. Übersetzt und ausgelegt von Hermann Hupfeld. 1855–1861; 2. Auflage hrsg. von Eduard Riehm, 1867–1871; 3. Auflage 1888. Über Begriff und Methode der sogenannten biblischen Einleitung nebst einer Uebersicht ihrer Geschichte und Literatur. Elwert, Marburg 1844 (Digitalisat). Commentatio de primitiva et vera festorum apud Hebraeos ratione ex legum Mosaicarum varietate eruenda. 4 Teile. Gebauer, Halle 1851–1865. Die Quellen der Genesis und die Art ihrer Zusammensetzung. Berlin 1853. Die heutige theosophische oder mythologische Theologie und Schrifterklärung. Berlin 1861. Dokumente einer Freundschaft in schwieriger Zeit. Hermann Hupfeld und Johann Wolfgang Bickell. Briefwechsel 1832–1848. Hrsg. und mit einer Einleitung versehen von Otto Kaiser.