Kolejna fala zmian na korzyść ewangelików nastąpiła wraz z tzw. Wiosną Ludów w 1848, co ukoronowane zostało wydaniem Patentu Protestanckiego 8 kwietnia 1861 roku, który ustanawiał nowe podstawy prawne funkcjonowania Kościoła ewangelickiego w Cesarstwie, zrównując jego prawa z Kościołem katolickim. Jego wydanie przyczyniło się do powstania wielu nowych zborów i szkół.
9 kwietnia 1861 wydano drugi patent, tymczasową ewangelicką ustawę kościelną mówiącą o gminach zborowych, sposobie ich łączenia w gminy senioralne i superintendentalne i o zastępstwie tychże w Synodzie Generalnym, jak również o innych kwestiach organizacyjnych. Powoływał również najwyższy urząd administracyjno-sądowy dla obu wyznań zastępujący konsystorze: Naczelną Cesarsko-Królewską Radę Kościelną (niem. Oberkirchenrat) w Wiedniu, działającej przy C. K. Ministerstwie Wyznań i Oświaty. Ostateczny kształt ustawy kościelnej miały nadać kolejne Synody Generalne (najwyższy urząd ustawodawczy Kościoła).
Prezydentami Naczelnej Cesarsko-Królewskiej Rady Kościelnej byli kolejno: 1861–1874 – Joseph Andreas Zimmermann 1874–1884 – Conrad Schmidt von Altenheim 1884–1909 – Rudolf von Franz 1909–1911 – Herman Pfaff 1911–1925 – Wolfgang Haase