Powrócił do Filadelfii, po czym w towarzystwie rodziny jesienią 1809 roku ponowie wyjechał do Paryża, gdzie pozostał przez rok. thumb|left|Rzymska córka (1811, National Museum of American Art W 1810 roku Rembrandt Peale postanowił zarzucić malowanie portretów i poświęcić się obrazom o tematyce historycznej. Z początku dołączył do innych artystów z Filadelfii aby wesprzeć Society of Artists (Stowarzyszenie Artystów), a następnie otworzył galerię obrazów historycznych pod nazwą Apollodorian Gallery of Paintings. W galerii tej namalował dwa swoje wielkie dzieła: Napoleon i Rzymska córka (1811, National Museum of American Art) oraz obraz o tematyce biblijnej Wniebowstąpienie Eliasza (1815, lokalizacja nieznana). Przez blisko 15 lat obrazy wielkoformatowe były częścią jego twórczości. Chociaż został wybrany do zarządu Pennsylvania Academy of Fine Arts i mianowany profesorem malarstwa w Society of Artists, Peale był rozczarowany przyjęciem, z jakim się spotkał po powrocie do Filadelfii. W 1813 roku postanowił przenieść się do szybko rozwijającego się Baltimore. Za zebrane w ramach subskrypcji akcji pieniądze zlecił architektowi Robertowi Cary Longowi zaprojektowanie małego eleganckiego budynku muzeum, pierwszego tego rodzaju w Ameryce.