W 1603 roku Cesi założył Accademia dei Lincei, której zamiarem było skupienie uczonych w celu wspólnej pracy. Do Cesiego, oprócz Schrecka, przyłączyło się kilku wybitnych uczonych, między innymi Galileusz. W tym samym roku Schreck wstąpił do zakonu Jezuitów w Rzymie i rozpoczął naukę teologii w Collegio Romano. Oprócz tego zajmował się edycją i badaniami nad Thesaurus Mexicanus, dziełem które zawierało opis roślin, zwierząt i bogactw naturalnych Ameryki Środkowej. Mimo iż dość szybko poradził sobie z tą pracą, to została ona opublikowana dopiero w 1651 roku.
W 1614 roku Nicolas Trigault, organizator misji do Chin, wybrał Schrecka jako kandydata do udania się do Państwa Środka. Johann zgodził się i od tej pory towarzyszył Nicolasowi w jego podróży po europejskich dworach, gdzie starali się pozyskać materialne wsparcie dla projektu misji. Oprócz pieniędzy, jezuici gromadzili różnego rodzaju księgi oraz przyrządy naukowe, które również chcieli zabrać do Chin. W międzyczasie dołączyli do nich inni jezuici, wśród których byli Giacomo Rho, Johann Adam Schall von Bell i Wenceslas Pantaleon Kirwitzer. 17 kwietnia 1618 roku misjonarze wyruszyli z Portugalii, na pokładzie statku, do Chin. W trakcie podróży Schreck rozpoczął pisanie Plinius Indicus, dzieła opisującego faunę i florę Dalekiego Wschodu. Pracy tej jednak nigdy nie ukończył.