Od 1707 roku zaczął zbierać wokół siebie popierających go jezuitów, spośród których najwybitniejsi byli: Joseph-Henry de Prémare, Jean-François Foucquet i Jean-Alexis de Gollet. Wspólnie zaczęli tworzyć dzieła mające umożliwić chrześcijańską interpretację tradycyjnych chińskich tekstów.
Działalność i poglądy Bouveta nie spodobały się jednak wielu duchownym. Francuscy jezuici, którzy nie zgadzali się z figurystami, sami zaczęli badać Księgę Przemian, dochodząc do zupełnie innych wniosków, które starali się jak najszerzej rozpropagować. Kilian Stumpf, jezuicki wizytator, oskarżył Bouveta przed cesarzem Kangxi o brak szacunku dla chińskiej historii i tradycji. Władca zdecydował wówczas, że Joachim powinien kontynuować swoje badania, ale sam, bez pomocy zwolenników. Cesarz miał wówczas wyrazić opinię, iż Bouvet jest jedynym znanym mu Europejczykiem, który w jakimś stopniu zrozumiał kulturę chińską i starał się ją zgłębić. Jezuita pozostawał u boku monarchy aż do jego śmierci. Między 1708 a 1715 rokiem brał udział w opracowywaniu map różnych prowincji należących do cesarstwa. Oprócz tego napisał kilka traktatów matematycznych i wspomnienia z pobytu w Chinach zatytułowane Portrait histoique de l'empereur de la Chine.