Historyczne ujęcia Samo słowo fonem ma źródłosłów grecki od słowa , czyli ‘głos’, a ukuł je we francuskiej formie Antoni Dufriche-Desgenettes około 1865 roku. Szerzej znane stało się, gdy wygłosił referat na konferencji językoznawczej w 1873 roku. U niego był to przekład funkcjonującego terminu niemieckiego i oznaczało mniej więcej to, co głoska. Termin ten upowszechnił Louis Havet, a następnie, w 1879 roku, przejął Ferdinand de Saussure, zmieniając znaczenie na bardziej abstrakcyjne. Jego ujęcie było diachroniczne, związane z fonologiczną ewolucją języków, przy czym nie było w pełni konsekwentne.
W językoznawstwie utrwaliło się znaczenie synchroniczne, które pojęciu fonem nadał Mikołaj Kruszewski, ostatecznie odróżniając je od głoski w roku 1879 lub 1880 i rozpowszechnił Jan Baudouin de Courtenay. U tego ostatniego fonem oznacza najmniejszą jednostkę foniczną będącą podstawą regularnych alternacji, choć z czasem przyjął on podejście psychologistyczne. Zgodnie z nim fonemBaudouin de Courtenay używał form żeńskich fonema, grafema ma być psychologicznym ekwiwalentem głoski, czyli jej psychicznym wyobrażeniem, które może być realizowane przez różne głoski, w zależności od zmienności diachronicznej i synchronicznej języka. Obaj ci naukowcy byli przedstawicielami tzw. szkoły kazańskiej.