Powrócił do kraju, w 1994 po przejęciu części przedsiębiorstwa założył prywatny koncern Agrofert, specjalizujący się branży żywnościowej, rolnej i handlowej. Skupując i przejmując kolejne firmy, doprowadził do powstania holdingu obejmującego ponad 250 podmiotów gospodarczych, utrzymując nad nim kontrolę. „Forbes” w 2013 umieścił go na 736. miejscu listy najbogatszych ludzi na świecie (na 2. miejscu w Czechach), szacując jego majątek na 2 miliardy dolarów.
Działalność polityczna do 2017 W 2012 zarejestrował partię polityczną o nazwie ANO 2011, głoszącą hasła walki z korupcją i uzdrowienia systemu politycznego, deklarując udział w wyborach parlamentarnych. Rozwój działalności partii zbiegł się z nabyciem przez Agrofert grupy mediowej MAFRA, wydającej m.in. jeden z największych czeskich dzienników „Mladá fronta Dnes”. Przejął tym samym kontrolę nad największą w kraju grupą medialną, w skład której weszły także „Lidové noviny”. Wielokrotnie zarzucano mu wykorzystywanie mediów w działalności politycznej. W wyborach w 2013 kierowane przez niego ugrupowanie zajęło drugie miejsce, wprowadzając do Izby Poselskiej 47 swoich przedstawicieli. Andrej Babiš uzyskał jeden z mandatów poselskich przypadających jego ugrupowaniu.