29 stycznia 2014 został pierwszym wicepremierem oraz ministrem finansów w koalicyjnym rządzie Bohuslava Sobotki. W 2016 czeski parlament przyjął ustawę o konflikcie interesów, zgodnie z którą członkowie rządu nie mogą być właścicielami mediów, a należące do nich przedsiębiorstwa wszelkich branż nie mogą ubiegać się o dotacje państwowe czy zamówienia publiczne. Ustawa została poparta przez wszystkie ugrupowania z wyjątkiem ANO, jej wejście w życie przewidziano na 2017.
W 2017 doszło do dalszych sporów między koalicjantami na tle zarzutów o konflikt interesów Andreja Babiša. Ostatecznie 24 maja 2017 lider ANO 2011 odszedł z rządu. W październiku 2017 przedstawiono mu zarzuty defraudacji subsydiów unijnych. Jego partia zwyciężyła w wyborach parlamentarnych w tym samym miesiącu, otrzymując 29,6% głosów i 78 mandatów. Andrej Babiš po raz drugi został wówczas wybrany do Izby Poselskiej.
Działalność polityczna w latach 2017–2021 Po nieudanych negocjacjach koalicyjnych zapowiedział utworzenie rządu mniejszościowego. 6 grudnia 2017 odebrał nominację na urząd premiera. 13 grudnia prezydent Miloš Zeman dokonał zaprzysiężenia członków rządu, tym samym jego gabinet rozpoczął funkcjonowanie.