Początkowo po śmierci ojca Stefan, wraz z pięcioma braćmi, objął rządy w całej Bawarii (ojcowizna obejmowała także inne ziemie w Niemczech, jednak Brandenburgia i Tyrol przypadły starszemu bratu Stefana, Ludwikowi V, jeszcze za życia ojca). Już w 1349 roku bracia dokonali podziału ojcowizny, przy czym Stefanowi oraz dwóm młodszym braciom: Wilhelmowi I i Albrechtowi I przypadła Dolna Bawaria. Już w 1353 roku doszło do dalszego podziału Dolnej Bawarii, w którym Stefan zatrzymał sobie większą jej część ze stolicą w Landshut, braciom oddając część ze Straubing (Wilhelm został także hrabią Holandii).
W 1355 roku Stefan towarzyszył Karolowi IV Luksemburskiemu w jego wyprawie do Włoch i koronacji cesarskiej. Jednak wkrótce potem Stefan poróżnił się z cesarzem i zaczął szukać sojuszników u Habsburgów. Konflikt księcia z cesarzem pogłębiła Złota Bulla, która nie przyznała mu prawa głosu w elekcji cesarskiej.
W 1361 roku zmarł starszy brat Stefana, Ludwik, który po podziale z 1351 roku panował w Górnej Bawarii. Następcą został jeden bratanek, młody Meinhard. Wybuchła wojna domowa;