Stefan II pokonał stronnictwo arystokratyczne, które wydało mu Meinharda i objął faktyczną kontrolę nad Górną Bawarią. Aby zagwarantować sobie przewagę, Stefan zawarł przymierze z księciem austriackim Rudolfem IV, faktycznie skierowane także przeciwko cesarzowi. Meinhard co prawda zdołał uciec do Tyrolu, jednak już wkrótce, w styczniu 1363 roku zmarł, i Stefan II bez większych problemów przyłączył Górną Bawarię do swego władztwa, jak najstarszy z jego stryjów. Cesarz jednak doprowadził do tego, aby Stefan nie mógł odziedziczyć Branenburgii w przypadku ewentualnej bezpotomnej śmierci innych jego braci.
Tymczasem Stefan rozpoczął walkę o pozostałą część dziedzictwa po Meinhardzie – Tyrol, który matka zmarłego księstwa oddała Rudolfowi Habsburgowi. Wojna o sukcesję tyrolską pomiędzy Stefanem a jego dotychczasowym sprzymierzeńcem i jego następcami (a także wspierającymi ich arcybiskupami Salzburga), trwała sześć lat, a szala zwycięstwa przechylała się na obie strony. Próba interwencji u cesarza okazała się bezskuteczna – niechętny Stefanowi Karol Luksemburski uznał władzę Habsburgów nad Tyrolem. Mimo to Stefan przyjął tytuł hrabiego Tyrolu. Wkrótce potem odwrócili się przeciwko niemu krewni – dwaj bracia władający Brandenburgią zawarli sojusz z Habsburgami.