10 maja 1935 roku został aresztowany i umieszczony w obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen. 17 grudnia 1935 roku wraz z ośmioma innymi osobami uznanymi za przywódców działalności Świadków Jehowy w Niemczech skazany sądownie na dwa i pół roku więzienia. W 1936 roku został usunięty z Towarzystwa Strażnica, a jego prezes Joseph Rutherford wyjaśnił w liście do niemieckich Świadków Jehowy powody: „żaden z oskarżonych [w tym Balzereit] w tym czasie nie dał wiernego i prawdziwego świadectwa o imieniu Jehowy” i dlatego Towarzystwo „nie będzie odtąd miało z nim nic wspólnego”.
Rok później w obozie koncentracyjnym pod przymusem strażników Balzereit wyrzekł się wiary i podpisał stosowne oświadczenie. Jednak mimo obietnicy zwolnienia musiał powrócić do bloku i pozostał w obozie do 29 kwietnia 1939 roku. We wrześniu 1936 roku w jego miejsce sługą oddziału w Niemczech został Erich Frost.
Po wojnie Balzereit został dyrektorem Stowarzyszenia Kształcenia Biblijnego (Allgemeinen Bibel-Lehrvereinigung, ABL), późniejsze Stowarzyszenie Wolnych Chrześcijan (Vereinigung freistehender Christen), uważającego się za część Brzasku Nowej Ery i kontynuującego wdrażanie idei Charlesa T.