Jakiś czas później przeniósł się do Nankinu, a potem do Szanghaju.

W 1616 doszło do lokalnych prześladowań chrześcijan, które zapoczątkował nieprzychylny im Minister Rytów Shen Que. Aleni i wielu jego braci z zakonu schroniło się wówczas u wyznającego chrześcijaństwo, chińskiego uczonego, Michael Yanga Tingyuna w Hangzhou. Jako że nie mógł się wówczas zajmować pracą misjonarza, poświęcił się studiowaniu literatury, filozofii i języka chińskiego. Napisał też kilka prac poświęconych chińskiej nauce i religii. Po zakończeniu prześladowań wrócił do działalności misjonarskiej. Zaczął od Yangzhou, potem pracował w Hangzhou, a następnie w Jiangzhou. Był jednym z założycieli misji w Shanxi. W 1620 roku Giulio nawrócił na chrześcijaństwo chińskiego uczonego Ma Chengxiu, którego uczył europejskich osiągnięć z zakresu matematyki. W 1625 roku założył misję w Fujian. W 1638 roku udał się do Makau z uwagi na trwające prześladowania, ale bardzo szybko powrócił do pracy misyjnej.