W czasie podboju Chin przez Mandżurów, Aleni przebywał w Fujian. Należał do tej grupy jezuitów, która działała na terenach pozostających pod władzą południowej dynastii Ming. Część jezuitów żyła jednak na dworze nowych panów z dynastii Qing. Giulio kontynuował pracę misyjną, zapisy jego rozmów z jezuitą Andriusem Rudaminą stanowią cenne źródło informacji o funkcjonowaniu wspólnot chrześcijańskich w Chinach i postępach ewangelizacji. Kontynuował również badania astronomiczne i poczynił szereg obserwacji dotyczących magnetyzmu, których wyniki wysłał później Athanasiusowi Kircherowi. Korespondował z nim także na inne tematy, dotyczące głównie chińskiej cywilizacji i języka. Pisał również do włoskiego astronoma Maginiego. Był autorem kilku dzieł z różnych dziedzin nauki. Publikował prace dotyczące geografii, kosmografii, europejskiej nauki, historii i filozofii chińskiej. Był autorem Wanguo Quantu a także „Żywota Chrystusa” w ośmiu tomach, które to dzieło było później często przedrukowywane przez późniejszych, protestanckich misjonarzy.