Podczas zjazdu przedstawicieli małopolskich parafii ewangelickich w Krakowie w 1920 zapadła jednak decyzja o samodzielnym funkcjonowaniu. Utworzenie odrębnego związku wyznaniowego miało na celu ochronę tożsamości narodowościowej jego członków, którzy w większości byli potomkami Niemców osiadłych w Galicji na skutek akcji kolonizacji józefińskiej. Nowy Kościół został uznany przez władze Rzeczypospolitej poprzez respektowanie ustawy austriackiej z 1891 r. Jego zwierzchnikiem został ks. Hermann Fritsche.
23 lipca 1923 doszło do podziału w parafii ewangelickiej w Krakowie, w wyniku którego utworzono dwa odrębne zbory – jeden wszedł w skład konsystorza warszawskiego, a drugi – kościoła małopolskiego.
Naczelna Rada Kościelna w Wiedniu zrzekła się kierownictwa nad małopolskimi zborami 4 września 1923 i przekazała swoje zadania nowej superintendenturze z siedzibą w Białej.
Po śmierci superintendenta ks. Hermanna Fritschego w 1924, nowym zwierzchnikiem kościoła został ks. Theodor Zöckler, a centrala kościelna została przeniesiona do Stanisławowa.