W czasie rządów następnego cesarza, Yongzhenga, większość zagranicznych misjonarzy została zmuszona do zamieszkania w Kantonie, a następnie wydalona do Makau. Na terenie Chin pozwolono zostać jedynie duchownym takim jak Kögler, którzy pracowali dla władz i byli przez nie postrzegani bardziej jako uczeni i artyści, niż misjonarze. Poza wydaleniem zagranicznych chrześcijan doszło także do prześladowań chińskich konwertytów. W 1742 roku decyzja o zakazie brania udziału w obrzędach ku czci przodków została potwierdzona przez Kościół łaciński bullą „Ex quo singulari”, co jeszcze bardziej pogorszyło stosunki z elitami rządzącymi i w zasadzie uniemożliwiło jakąkolwiek pracę misjonarską.

Wobec tego Kögler koncentrował się głównie na nauce. W 1722 roku opublikował „Tabelę logarytmów” wraz z instrukcjami, jak z niej korzystać. Nie były to jednak logarytmy w takiej postaci, jak znamy je dzisiaj. W 1723 roku ukazała się mapa nieba jego autorstwa, z zaznaczonymi najważniejszymi gwiazdami i gwiazdozbiorami. W 1737 i 1742 roku ukazały się jego kolejne prace poświęcone astronomii, napisane we współpracy z innymi uczonymi. W 1746 roku, razem z jezuitami Feliksem da Rochą, Hallersteinem i Gogeislem wydali dwie prace: jedną poświęconą urządzeniom używanym w astronomii i drugą opisującą wyniki ich obserwacji satelitów Jowisza.