Wyposażenie obserwatorium zostało zaś przewiezione do Empordy.
Po śmierci Lluísa Rodésa i Campdery, jezuity który pełnił dotychczas funkcję dyrektora obserwatorium del Elbro, na nowego dyrektora wybrano Antonia. Mimo trudów wywołanych wojną domową i wybuchem drugiej wojny światowej udało mu się na nowo uruchomić działalność obserwatorium. Pod jego kierownictwem podległy mu zespół koncentrował się na obserwacjach Słońca i badaniami nad wahaniami pola magnetycznego Ziemi. W 1950 roku, dzięki zastosowaniu filtrów Lyota, możliwe stało się dokładniejsze obserwowanie widma słonecznego. Obserwatorium prowadzone przez Antonia było na Półwyspie Iberyjskim prekursorem w używaniu najnowszych urządzeń i rozwiązań technicznych. Na przykład w 1959 roku jako pierwsze zaczęło używaćradioteleskopu.