W 1943 roku przebywał w grupie Świadków Jehowy w obozie koncentracyjnym Stutthof. W trakcie pobytu w KL Stutthof tłumaczył publikacje biblijne Świadków Jehowy z języka angielskiego na niemiecki, które sporadycznie udawało się tam przemycić, a później powielał je na matrycach. Poznał tam m.in. Feliksa Borysa. Kiedy zimą 1944 roku do Stutthofu zaczęły się zbliżać wojska radzieckie, Niemcy postanowili ewakuować więźniów w kierunku Słupska w marszu śmierci. Z obozu wyprowadzono około 1900 osób, wśród których było też około dziesięciu Świadków Jehowy. Scheider zachorował i osłabł już drugiego dnia podróży, która miała potrwać około dwóch tygodni. Od tego momentu był niesiony przez F. Borysa, gdyż zatrzymanie się w trakcie wędrówki oznaczało śmierć z ręki Niemców.
Po tygodniu, gdy w kolumnie więźniów zostało już tylko 800 osób, a więźniowie pokonali połowę drogi, kolumna zatrzymała się w obozie należącym do Hitlerjugend. Przebywali tam również więźniowie z innych obozów. Wtedy też Wilhelm Scheider dodatkowo zapadł na tyfus i został umieszczony wraz z pozostałymi chorymi w oddzielnym baraku. Natomiast pozostałych więźniów Niemcy postanowili przez Bałtyk przetransportować statkiem do Danii.