W dniu wymarszu zdrowych więźniów obóz został oswobodzony, a chorzy więźniowie otrzymali pomoc.

Okres powojenny 19 maja 1945 roku powrócił do Łodzi. Udało mu się przejąć w użytkowanie budynek przedwojennego biura położony przy ulicy Rzgowskiej 24. Powrócił do pełnienia obowiązków powierzonych mu przed wojną. W 1946 roku zwrócił się do Ministerstwa Sprawiedliwości w Warszawie w sprawie aktów przemocy, których ofiarami padali Świadkowie Jehowy. 22 kwietnia 1950 roku, dzień po rewizji przeprowadzonej w łódzkim biurze przez Urząd Bezpieczeństwa poszukujący dowodów na rzekomą szpiegowską działalność Świadków Jehowy na rzecz Stanów Zjednoczonych, Wilhelm Scheider wraz z innymi członkami zarządu krajowego został aresztowany.

2 lipca 1950 roku ogłoszono w prasie odmowę rejestracji Zrzeszenia Świadków Jehowy w Polsce przez Urząd do Spraw Wyznań. Arbitralnie orzeczono, że ten związek wyznaniowy został rozwiązany, a jego majątek skonfiskowano. Działalność Świadków Jehowy została więc prawnie zakazana. W okresie zakazu działalności Wilhelm Scheider był więziony w komunistycznych więzieniach w latach 1950–1956 oraz 1960–1964. Przesłuchiwano go bez przerwy przez osiem dni i nocy.