W 1847 roku został mianowany administratorem klasztoru na Zwierzyńcu (obecnie dzielnica Krakowa), którego później został proboszczem. W 1865 roku poświęcił nowy cmentarz, założony na gruntach klasztornych, wzdłuż drogi wiodącej ku Kopcowi Kościuszki. Ten fakt zapisano na tytułowej stronie parafialnej księgi zmarłych: Die decima quarta septembris 1865 ego Eugenius Tupy, praepositus Zwierzynoensis, Vicedecanus urbis, benedixi novum coemeterium parachiale, a quo die corpora defunctorum in eodem sepeliunturDnia czternastego września 1865 roku ja Eugeniusz Tupy, proboszcz zwierzyniecki, wicedziekan miasta, poświęciłem nowy cmentarz parafialny, od którego dnia ciała zmarłych będą w nim chowane.. Ksiądz Tupy przez 33 lata mieszkał na Zwierzyńcu; pisywał również wiersze w języku polskim, m.in. był autorem pieśni nadwiślańskiej.
Ostatni raz przebywał w Czechach w 1879 roku. Był wtedy uznanym poetą, entuzjastycznie witanym przez tłumy.