Sformowano z nich siedem chorągwi, które obsadziły sześć odcinków obronnych, a jedna pozostała w rezerwie.
Pierwsza faza oblężenia 25 maja Szwedzi zablokowali wszystkie drogi do miasta, a dzień później pod Toruń dotarły ich główne siły, liczące ok. 10–12 tys. ludzi i rozpoczęły oblężenie. Nominalnie dowodził nimi generał major Magnus Stenbock, a faktycznie – król Karol XII. Szwedzi rozłożyli obóz między Trzeposzem a Mokrem. Po przybyciu głównych sił Karol XII zarządził rekonesans miejskich umocnień. Jego stanowisko obserwacyjne zostało wówczas ostrzelane z miasta, a pocisk armatni urwał nogę generałowi szwedzkiemu , który w następstwie tego wydarzenia zmarł.
W kolejnych tygodniach dochodziło do sporadycznej wymiany ognia. Szwedzi dotarli pod Toruń bez ciężkich dział oblężniczych, a artyleria, którą dysponowali, nie mogła zagrozić murom miejskim. Szwedzi musieli sprowadzić artylerię z Rygi i Karlskrony, a zatem czekali na przybycie statków, które płynęły Wisłą z ciężkimi działami, amunicją i posiłkami. Umożliwiło to obrońcom kontynuowanie prac naprawczych. Na początku czerwca Szwedzi zbudowali prowizoryczny most na Wiśle i z lewego brzegu sprowadzali faszyny.