Pierwsze wystawy czasowe ukazujące problem wysiedlenia Niemców i problemy historyczne Pomorza Zachodniego zostały zorganizowane przez MNS w gmachu przy Wałach Chrobrego: „Ojczyzna wielu” (2002–2005) „Codzienność historii w 60-lecie państwowości polskiej na Pomorzu Zachodnim” (2005) Powierzchnia każdej z wystaw z osobna przewyższała powierzchnię wystawową Ratusza Staromiejskiego. MNS sygnalizowało brak miejsca na stałą ekspozycję historyczną dziejów Szczecina po 1945. W tym czasie dziennikarka szczecińska Agnieszka Kuchcińska-Kurcz zaproponowała ideę „muzeum przełomów”, instytucji zajmującej się popularyzowaniem roli Szczecina w przełomowych dla historii powojennej Polski momentach. Pomysł stał się początkiem dyskusji społecznej, przede wszystkim co do formy instytucji, która zyskała nazwę Centrum Dialogu Przełomy (CDP). Ścierały się koncepcje nowej instytucji o charakterze naukowym i edukacyjnym, z koncepcją rozszerzenia MNS. Decyzję należało podjąć w czasie umożliwiającym wykorzystanie II transzy funduszy europejskich (Regionalny Program Operacyjny) do wzniesienia odpowiedniej siedziby.