Następnie został funkcjonariuszem WSR we Wrocławiu, pełniąc kolejno funkcje sekretarza (do 1 kwietnia 1947), asesora (do 30 marca 1948), i sędziego (do 3 października 1948).
W lutym 1948 skazał na śmierć dwóch członków podziemnej organizacji antykomunistycznej "Czarna Śmierć" Bogdana Krutowicza i Wiktora Plurę, a w czerwcu 1948 żołnierza AK Bronisława Cybucha (wszyscy trzej zostali ułaskawieni przez prezydenta Bolesława Bieruta). W sierpniu 1948 skazał na śmierć trzech członków okręgu kierownictwa WiN we Wrocławiu Ludwika Marszałka, Stanisława Ciska i Stanisława Dydo oraz dwóch innych członków WiN - Jana Klamuta i Leona Macherowskiego. Wśród sądzonych przez Bukowińskiego byli głównie ludzie młodzi, akowcy, członkowie WiN i lokalnych grup antykomunistycznych, także kilka kobiet.