W 1897 razem z trzydziestoma innymi mnichami i posłusznikami wyjechał do Pustelni św. Zozyma i Smoleńskiej Ikony Matki Bożej, jednego z monasterów filialnych Ławry Troicko-Siergijewskiej. Pod jego kierownictwem monaster został znacząco rozbudowany: wzniesiono budynki mieszkalne, magazyny i budynki gospodarcze oraz trzy cerkwie i dzwonnicę. Wszystkie te obiekty projektował architekt Ławry Łatkow. Równocześnie zajmował się duchownym kierownictwem nad kolejnymi mnichami. Spośród jego uczniów czterej (mnisi Ignacy, Włodzimierz, Makary i Gerazym) zostali następnie kanonizowani.
W 1909 został na krótko przeniesiony do monasteru Trójcy Świętej św. Stefana Machryskiego. O jego powrót do dotychczasowego klasztoru do metropolity moskiewskiego i kołomieńskiego Włodzimierza apelowali m.in. Siergiej Bułgakow i wielka księżna Elżbieta, będąca już wówczas przełożoną monasteru Świętych Marty i Marii w Moskwie. Prośby okazały się skuteczne i mnich wrócił do Pustelni św. Zozyma jeszcze w tym samym roku. Jego autorytet w Cerkwi Rosyjskiej był na tyle znaczny, że to do niego z prośbą o opinię w sprawie kontrowersji wokół czcicieli imienia bożego zwrócił się metropolita moskiewski Makary. Równocześnie główny ideolog imiesławia, schimnich Hilarion, zwracał się do ihumena Germana z prośbą o wstawiennictwo.