Od stycznia 1994 roku kontynuował karierę w DSV Leoben (Austria, 2. Liga), FK Priština (Puchar i Superpuchar Kosowa za sezon 1993/94) oraz Łokomotiwie Płowdiw (Bułgaria, A PFG), w których zaliczył kilkumiesięczne epizody. W połowie sezonu 1995/96 powrócił do Kosowa i wywalczył drugi w karierze tytuł mistrzowski z FK Priština. W sierpniu 1996 podpisał umowę z FK Partizani, stając się pierwszym zagranicznym piłkarzem w postkomunistycznej Albanii. 21 września zadebiutował w Kategoria Superiore w przegranym 0:1 spotkaniu przeciwko KS Teuta. Po rozegraniu 7 meczów, w których zdobył 1 gola, opuścił zespół i ponownie został graczem DSV Leoben, skąd wypożyczano go do ASKÖ Gurnitz (Austria, Kärntner Liga) i TSV 1860 Rosenheim (Niemcy, Landesliga Bayern-Süd).
W połowie 1998 roku został zawodnikiem FK Priština. Po sezonie 1998/99, z powodu wybuchu wojny domowej w Kosowie, jego klub opuścił system ligowy Jugosławii, przenosząc się do Superliga e Kosovës. W sezonie 1999/00 Munishi wywalczył z tym zespołem tytuł mistrza kraju. Następnie był graczem KF Besiana, z którą zdobył w sezonie 2001/02 mistrzostwo, Puchar i Superpuchar Kosowa, a także dwukrotnie uzyskał tytuł króla strzelców tamtejszej ekstraklasy (2000/01, 2001/02). W 2003 roku przeniósł się do KF Kosova i wywalczył z tym klubem krajowy puchar.