Od sezonu 2004/05 występował on kolejno w KF Flamurtari, KF KEK-u, KF Gjilani, KF Hysi (król strzelców ligi 2006/07) oraz w macierzystej KF Prishtina, w barwach której w sierpniu 2008 roku oficjalnie zakończył karierę po zdobyciu tytułu mistrzowskiego.
Kariera reprezentacyjna 14 lutego 1993 zaliczył jedyny występ w nieoficjalnej reprezentacji Kosowa w przegranym 1:3 towarzyskim meczu z Albanią, w którym zdobył bramkę. Był to pierwszy w historii gol zdobyty przez reprezentację tego kraju, niebędącą wówczas członkiem FIFA ani UEFA.
Kariera trenerska Po zakończeniu kariery zawodniczej Munishi zdobył licencję trenerską UEFA Pro i zajął się szkoleniem grup młodzieżowych. W 2009 roku został on mianowany dyrektorem szkółki piłkarskiej KF Prishtina. W latach 2011–2012 pełnił rolę asystenta trenera Wolfganga Jerata. W lipcu 2016 roku objął funkcję pierwszego szkoleniowca klubu. Po miesiącu wywalczył Superpuchar Kosowa po zwycięstwie 2:1 nad KF Feronikeli. We wrześniu 2016 roku w wyniku konfliktu z zarządem klubu odszedł ze stanowiska. Zespół znajdował się wówczas na pierwszym miejscu w tabeli Superligi z dorobkiem 13 punktów po 5 kolejkach.