Drouet opowiadał się za wyrokiem śmierci dla króla bez prawa apelacji. Okazywał zaciekłą wrogość wobec żyrondystów. Z kolei po wybuchu wojny Republiki Francuskiej z pierwszą koalicją, proponował stracenie wszystkich brytyjskich rezydentów we Francji. W trakcie pełnienia obowiązków komisarza Konwentu w Armii Północy, został schwytany podczas oblężenia Maubeuge w 1793 i osadzony w więzieniu w Spielbergu, w którym przebywał aż do końca wojny w 1795. Wrócił w grudniu tego roku, wymieniony z innymi więźniami za córkę króla, Madame Royale.
W okresie rządów Dyrektoriatu i później Drouet został członkiem Rady Pięciuset. Uzyskał stanowisko sekretarza. Współpracował ze sprzysiężeniem François Babeufa, za co trafił do więzienia. Wkrótce udało mu się uciec do Szwajcarii. Stamtąd przedostał się na Teneryfę, gdzie w 1797 z powodzeniem przeciwstawił się atakowi Horacego Nelsona na tę wyspę. Później odwiedził Indie. Po powrocie do Francji nie był sądzony, lecz wrócił na stanowisko członka Rady Pięciuset. Tam związał się z formacją neojakobińską (która aspirowała do odnowienia klubu jakobinów).